机动特遣队作为最高级别的机动力量，直接听命于监督者，但在具体行动中接受理事会和安全部协调。
【科研部】：总部同样设在蜂巢-01，罗米修斯博士担任部长，负责所有异常项目的研究、技术开发（包括系统科技的转化应用）、医疗支持、心理评估。
【后勤部】：由玛丽亚兼任部长，负责财务管理、物资采购与调配、基地建设与维护、掩护机构（顶点、保护伞、哈夫克等）的协调。
【情报部】：由阿尔法担任部长，负责全球异常信息监控、外勤特工、情报分析、反情报与信息安全、任务简报生成。
【伦理与内部事务监察部】：这个部门暂时空缺。
李琟强调，“负责监督基金会所有行动是否符合内部规章，审查收容协议，处理内部违规，确保我们不会变成我们试图控制的怪物。人选需要慎重。”
五大部门总部，直接管理下属的各个区域收容站的对应部门。
“未来，基金会的版图将划分为若干个‘区域’。”李琟指着结构图的下一层。
“多个区域连起来成一个大区，由大区主管负责协调、沟通。”
“每个区域，设立一个核心收容站点，如蜂巢-01、02、03。核心站点，负责管理辖区内所有规模较小的‘前哨站’或‘监控站’。”
“前哨站负责收容低风险异常（灰级、白级，部分蓝级），进行初步研究和监控。”
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